Фамилия Еболкин — редкий случай, когда основа вызывает больше споров, чем суффикс. Модель образования здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а значит, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Еболка. Вопрос в том, что это за имя.

Самая вероятная версия связывает Еболку с диалектным глаголом «ебо́лить» — в некоторых говорах так говорили о том, кто суетится, мельтешит или делает что-то невпопад. Человек, получивший такое прозвище, мог быть непоседливым, беспокойным или просто неловким. Фамилия образована напрямую, без промежуточных форм: прозвище Еболка → Еболкин сын → фамилия Еболкин. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований, выводит Еболку из тюркских языков. В ряде тюркских наречий корень «еб-» или «йеб-» может означать «есть, кушать» или «насыщаться». Прозвище Еболка в таком случае могло относиться к любителю плотно поесть или к человеку с хорошим аппетитом. Эта гипотеза подкрепляется тем, что фамилии с похожим звучанием (Ебанов, Ебалаков) иногда фиксируются в Поволжье и на Урале, где веками шло смешение русского и тюркского населения.

Географически фамилия Еболкин встречается редко, но не единично. Основные очаги — центральные области России, в частности, Рязанская и Тамбовская губернии, а также отдельные записи в Сибири, куда фамилия могла попасть с переселенцами. Сословной привязки нет: Еболкины могли быть и крестьянами, и мещанами.

В ономастических справочниках фамилия не описана подробно, но её структура полностью укладывается в модель, разобранную Б. Унбегауном для русских фамилий на -ин. Спорным остаётся только корень — славянский он или заимствованный, но в любом случае прозвище было живым и образным, а не книжным.