Фамилия Ебондарев — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходный смысл. На слух она воспринимается как производная от некоего «Ебондарь», но это ловушка. На самом деле перед нами искажённый вариант фамилии Бондарев, одной из самых распространённых в России. Исходная основа — «бондарь» (бочар, мастер по изготовлению бочек). В южных и западных говорах, особенно на украинском и белорусском пограничье, звук «б» в начале слова мог переходить в «еб» через протетический гласный или под влиянием аканья и местного произношения. При записи фамилии в документах, например, в XIX веке, писарь, не знакомый с местным говором, фиксировал услышанное как «Ебондарев», хотя носители могли произносить её как «Бондарев» или «Гебондарев».

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с редким прозвищем «Ебонда» — возможно, от диалектного глагола со значением «колотить, стучать» или от искажённого имени «Евонтий». Но эта гипотеза не подкреплена массовыми данными: в исторических переписях и метрических книгах фамилия Ебондарев встречается почти исключительно в тех же регионах, где живут Бондаревы и Бондаренко, — на юге России, в Курской, Воронежской, Белгородской областях. География указывает на то, что перед нами именно фонетический вариант, а не самостоятельное прозвище.

Суффикс «-ев» (а не «-ов») в фамилии Ебондарев — результат того, что основа оканчивалась на мягкий согласный «р» в исходной форме «Бондарь» (сравните: Бондарев, а не Бондаров). Это стандартная модель для русских фамилий от прозвищ на -арь. Таким образом, Ебондарев — это не «сын Ебондаря», а «сын бондаря», записанный так, как услышали чиновники. Со временем написание закрепилось, и сейчас это самостоятельная фамилия, хотя её носители, скорее всего, имеют общих предков с многочисленными Бондаревыми.

В сословном отношении предки Ебондаревых, как и других Бондаревых, были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами, реже — мещанами. Ремесло бондаря было востребованным, но не считалось особенно престижным, поэтому фамилия не встречается среди дворянства. Встретить Ебондарева в родословных книгах XVIII века почти невозможно — это фамилия простонародная, и её нынешняя редкость объясняется именно случайностью записи, а не малочисленностью рода.