Фамилия Еботиночка — редчайший случай в русской ономастике. Её форма сразу же выдает искусственное, книжное происхождение: суффикс -очк- не характерен для традиционных русских фамилий, которые образовывались через -ов, -ин, -ский или -их. Этот уменьшительно-ласкательный суффикс (как в словах «ручка» — «ручечка») встречается в фамилиях, возникших в среде духовенства, чаще всего в XIX веке, когда семинаристам и выпускникам академий давали «говорящие» фамилии из церковнославянского или греческого обихода.

Основа «Еботин-» — явно производная от слова «ебота» (или «еботина»), которое в диалектах русского языка, особенно южнорусских и украинских, означало хлопоты, суету, заботу. В словарях Даля и областной лексики «ебота» — это беспокойство, возня, канитель. Соответственно, «Еботиночка» — это не прозвище по профессии или внешности, а скорее прозрачный псевдоним, данный человеку с иронией или смирением: «маленькая хлопотунья», «суетливая заботница».

Скорее всего, первый носитель фамилии был выходцем из духовного сословия. В семинариях практиковали «перевод» фамилий на церковнославянский или латынь, а также создание новых из нарицательных слов, чтобы подчеркнуть характер или жизненную ситуацию ученика. Фамилия Еботиночка могла быть дана как награда за усердие в хозяйственных делах или, наоборот, как шутливое указание на излишнюю суетливость.

Географически фамилия почти не встречается в современных базах данных, что подтверждает её уникальность. Это не родовая фамилия от отчества (типа Еботин), а скорее единичный случай, возможно, записанный в метрических книгах одной-двух губерний. В отличие от фамилии Еботин (от прозвища Ебота), форма -очка делает её женской по звучанию, хотя носителем мог быть и мужчина. Сегодня это скорее курьёзный артефакт, который показывает, как церковная школа могла превратить обыденное слово в редчайший фамильный знак.