Фамилия Эчкенко — один из тех случаев, где сразу бросается в глаза украинский суффикс -енко, который в XVI–XVII веках был главным маркером «сына такого-то» или «потомка такого-то». В основе фамилии лежит прозвище или имя Эчко, а вот с его происхождением всё не так очевидно.

Самая вероятная версия выводит основу из тюркских языков. В них корень «эч» или «ич» означает «внутренность, нутро, душа». В тюркских диалектах слово «эчке» могло означать «внутренний человек», «близкий», а также «внутренности» (в прямом и переносном смысле). Прозвище Эчко могли дать человеку, который был вхож в дом, доверенным лицом, либо, наоборот, обладал каким-то заметным физическим качеством, связанным с этим словом. На юге России и в украинских степях, где веками соседствовали славянские и тюркские народы, такие заимствования в прозвищах — обычное дело.

Менее вероятная, но тоже возможная версия — от уменьшительной формы крестильного имени. В православных святцах есть редкое имя Елевферий (свободный), в народной речи оно могло сократиться до Эля, Эчки, а затем и до Эчко. Однако для такого перехода нет устойчивых диалектных подтверждений, и тюркский след выглядит убедительнее.

Географически фамилия Эчкенко тяготеет к юго-востоку Украины и прилегающим районам России — к Запорожью, Донбассу, Кубани. Именно там в XVIII–XIX веках оседали запорожские казаки и крестьяне из центральных губерний, которые активно контактировали с ногайцами, татарами и черкесами. Фамилия могла закрепиться за потомками казака, носившего прозвище Эчко, или за выходцами из смешанных семей.

Суффикс -енко в этом случае не просто «сын», а указание на принадлежность к роду. Носитель фамилии Эчкенко — потомок человека, которого в округе знали как Эчка. Сословно это, скорее всего, казачье или крестьянское происхождение: среди дворянских родов фамилии на -енко встречаются редко и обычно имеют другую морфологию.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в украинских метриках встречаются Эчко, Эченко, а также более редкие Эчков и Эчкин. Эчкенко — самая распространённая форма, и именно она лучше всего сохранила исходное прозвище в основе.