Фамилия Эеленин — редкий случай в русском ономастиконе. Её не встретишь в списках распространённых фамилий, и первое, что бросается в глаза, — нехарактерное для русского языка стечение гласных в начале. Скорее всего, перед нами не исконно русская, а искусственная или заимствованная фамилия, либо результат поздней адаптации иноязычного слова.

Самый вероятный путь происхождения — от немецкой фамилии Eilenin или Eelenin, которая могла быть русифицирована при переселении носителей в Российскую империю. В немецком языке основа могла восходить к слову «Eile» (спешка, поспешность) или к топониму Eilenburg (город в Саксонии). В таком случае суффикс -ин — чисто русский, указывающий на принадлежность: «сын Эелена» или «человек из рода Эеленов». Двойное «е» на письме могло закрепиться из-за буквальной передачи немецкого дифтонга или долгого звука.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть в среде старообрядцев или сектантов как искусственное образование, например, от аббревиатуры или искажённого библейского имени. Однако никаких подтверждений этому в доступных источниках нет.

Географически фамилия Эеленин почти не встречается в исторических документах. В современных базах данных единичные носители зафиксированы в центральной России и на Урале, что косвенно подтверждает гипотезу о переселенцах из немецких колоний Поволжья.

По словообразовательной модели фамилия уникальна: в ней нет ни типичного для русских фамилий суффикса -ов/-ев, ни -ский. Суффикс -ин здесь выполняет ту же роль, что в фамилиях Пушкин или Репин, но основа не имеет славянских корней. Это и делает Эеленина исключением — фамилией, которая скорее рассказывает о миграции и языковом контакте, чем о древнем прозвище или ремесле предка.