Фамилия Эфиндеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если не знать её возможной тюркской основы, можно ошибочно принять её за греческую из-за созвучия с именем Эфинди или даже за искусственную семинарскую фамилию. Но скорее всего, корни у неё другие.

В основе фамилии лежит тюркское слово «эфенди» (efendi) — почтительное обращение к господину, учителю или духовному лицу в Османской империи и у народов Кавказа. В русскую речь слово попало через посредничество крымскотатарского или азербайджанского языков, где «эфенди» означало «господин», «уважаемый». Форма «Эфиндей» или «Эфинди» — один из адаптированных вариантов этого обращения, а фамилия Эфиндеев образовалась от него по стандартной русской модели с суффиксом -ев (как от слов на мягкий согласный или -й). Морфологически фамилия отвечает на вопрос «чей?»: сын Эфиндея.

Носитель прозвища Эфиндей — это человек, которого окружающие называли «эфенди»: либо потому что он был грамотным, учителем, муллой, либо потому что держался с достоинством и важностью. В русской среде такое прозвище могли дать татарину, турку или выходцу с Кавказа, который имел обыкновение так обращаться к другим или сам носил это звание. Фамилия могла закрепиться и у крещёных татар, и у русских, живших в смешанных регионах — в Поволжье, на Северном Кавказе или в южных губерниях, где тюркское влияние было сильным.

В отличие от фамилий на -ов/-ев от христианских имён, Эфиндеев прямо указывает на социальный статус или род занятий предка, а не на имя святого. Это делает её ценной для историка: она — след контакта двух культур, где русская фамильная модель «наложилась» на тюркский титул. Встречается фамилия крайне редко, в основном в документах XIX — начала XX века, что подтверждает её узколокальное бытование. Другие версии, например, от греческого «эфенди» (с тем же значением) или от искажённого имени Феофан, маловероятны: греческое слово — заимствование из того же турецкого, а фонетический переход от Феофан к Эфиндей не подтверждается историческими записями.