Фамилия Эгембергенова — яркий пример тюркской модели образования фамилий, распространённой у народов Средней Азии, особенно у казахов, каракалпаков и отчасти узбеков. Её основа восходит к личному имени Эгемберген, которое можно разобрать на две части. Первая — «эгем» или «игем» (в разных диалектах), что восходит к арабскому «икрам» — «почтение», «уважение», «щедрость». Вторая — «берген» (от тюркского «беру» — «давать»). В сумме имя Эгемберген означает «дарованный почтением» или «одарённый уважением». Это типичное имя-пожелание: родители надеялись, что ребёнок вырастет достойным и уважаемым человеком.

Сама фамилия образована по русскому патронимическому шаблону с помощью суффикса -ов, адаптированного к тюркской основе. В советское время, при массовой паспортизации, многие казахские и каракалпакские фамилии получили окончание -ов/-ев, чтобы вписаться в русскую бюрократическую систему. Женская форма Эгембергенова (с окончанием -а) указывает на то, что носительница — женщина; мужской вариант — Эгембергенов.

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану, особенно к Актюбинской и Мангистауской областям, а также к Каракалпакстану (Узбекистан). Встречается и у казахов в России (Астраханская, Оренбургская области). Редкость фамилии объясняется тем, что имя Эгемберген не входило в число самых популярных тюркских имён, а значит, и число его носителей было невелико.

С точки зрения социального контекста, предки современных Эгембергеновых скорее всего были скотоводами или земледельцами в аулах. Фамилия не указывает на аристократическое происхождение — это родовое обозначение, закрепившееся за потомками конкретного человека по имени Эгемберген. Никаких сведений о дворянских корнях или выдающихся исторических личностях с этой фамилией нет, что типично для массовой крестьянской ономастики Средней Азии.

Любопытная деталь: в некоторых документах XIX — начала XX века встречается вариант написания «Игембергенов» (с начальной «И» вместо «Э»), что отражает диалектное произношение. В современной орфографии закрепилась форма с «Э», как более близкая к литературной норме казахского языка.