Фамилия Егенмурадов — редкий случай в русском ономастиконе, который почти не встречается за пределами Средней Азии. Её основа — тюркское (туркменское или каракалпакское) составное имя Егенмурад. Первая часть, «еген», восходит к слову «егмек» — «побеждать», «одолевать», либо к «иген» — «посев», «зерно». Вторая часть — «мурад» (от арабского «мурад» — «желанный», «цель»). Таким образом, имя Егенмурад можно перевести как «победоносное желание» или «желанный урожай». Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе добавили суффикс -ов, который в данном случае указывает на принадлежность к роду: «сын Егенмурада».

В отличие от распространённых русских фамилий на -ов, где основа часто славянская, здесь мы видим прямой перенос восточного личного имени. Это типично для фамилий, которые возникли в XIX–XX веках у народов, вошедших в состав Российской империи, когда при переписях и паспортизации к местным именам механически добавляли русский суффикс. В самой Туркмении или Каракалпакстане фамилия Егенмурадов встречается чаще, чем в России, и сохраняет ударение на последнем слоге — ЕгенмурадОв, что тоже выдает её нерусское происхождение.

Интересно, что в русском языке фамилия не имеет внутренней формы — человек, не знающий тюркских языков, не поймёт её значения, воспринимая как экзотическое звукосочетание. С точки зрения словообразования, здесь нет уменьшительных или уничижительных суффиксов (вроде -к- или -ец-), что говорит о том, что фамилия фиксировала полное, официальное имя предка, а не прозвище. Носители фамилии в России — это, как правило, потомки выходцев из Туркменистана или Узбекистана, сохранившие родовую память в виде этого редкого патронима.