Фамилия Эгере — редкий для России случай, когда фамилия не переделана на русский лад, а сохранила исходное немецкое написание. В подавляющем большинстве случаев её корни ведут в германоязычную среду, а конкретнее — к немецкой или австрийской фамилии Egerer. Такая фамилия указывает на происхождение предка из определённого места: города Эгер (Eger) — историческое немецкое название города Хеб в Чехии, или реки Эгер (приток Эльбы). В немецкой ономастике это типичная «топонимическая» фамилия, образованная с помощью суффикса -er, который буквально означает «тот, кто из…».

По-русски фамилия Эгере — это застывшая форма немецкого именительного падежа. В отличие от русских фамилий на -ов или -ин, она не склоняется в мужском роде и не меняет окончания по падежам, что сразу выдает её иноязычное происхождение. Если бы предок-немец обрусел в XIX веке, фамилию могли бы записать как Эгер или Эгеров, но вариант Эгере говорит о том, что носитель или его ближайшие предки ещё помнили немецкое произношение и письменную форму.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с австрийским диалектным словом Eger, обозначающим вспаханное поле или межу. Тогда Эгере — прозвище крестьянина или землемера, которое закрепилось за семьёй. Эта гипотеза слабее: топонимическое объяснение встречается в словарях немецких фамилий гораздо чаще, а диалектное значение слишком узкое и локальное.

В России фамилия Эгере встречается в основном среди потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье и на юг империи при Екатерине II. Встречаются единичные носители и среди остзейских немцев. В советское время фамилию не русифицировали, так как она не резала слух и не была политически неблагонадёжной. Сейчас Эгере — одна из тех фамилий, по которой можно безошибочно определить, что предок говорил по-немецки и жил в городке с названием Эгер или рядом с ним.