Фамилия Егоскрит — редчайший случай в русской ономастике. Она не вписывается ни в одну из типичных словообразовательных моделей: в ней нет суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский, -их/-ых. Скорее всего, перед нами не русская, а греческая фамилия, попавшая в русскую среду через церковные или академические круги. Если разложить её на части, просматривается греческое «эго» (ἐγώ — «я») и «скрито» (κρυπτός — «скрытый, тайный»). Буквально Егоскрит может означать «я скрыт» или «скрывающий себя» — возможно, прозвище или псевдоним человека, который вёл уединённый образ жизни, был монахом-затворником или просто избегал общества.

Версия о греческом происхождении подкрепляется тем, что в России фамилии на -ит, -ид, -ис часто получали выходцы из греческого духовенства или студенты, учившиеся в греческих школах. Однако нельзя исключать и вариант, что фамилия — результат искусственного книжного творчества, например, семинарская фамилия, данная ученику за скрытный характер или за успехи в изучении древних языков. В семинариях любили переводить прозвища на латынь или греческий, и «Скрытный» мог превратиться в «Егоскрит».

Географически фамилия почти не встречается: ни в дореволюционных переписях, ни в советских справочниках она не фиксируется как массовая. Это говорит о том, что Егоскрит — либо единичная фамилия одной семьи, либо позднее изменение (описка) от более известной фамилии вроде Егоров или Скрипкин. Но если опираться на корень, логичнее всего считать её греческой по происхождению и связанной с монашеской или учёной средой. Предки носителя фамилии могли быть священниками, преподавателями греческого языка или людьми, получившими прозвище за свою замкнутость.