Фамилия Еимофеев — редкий и, на первый взгляд, загадочный вариант. В ней легко узнать искажённое или диалектное звучание распространённой фамилии Тимофеев. Основа здесь — каноническое крестильное имя Тимофей, которое в переводе с греческого означает «почитающий Бога». Однако начальное «Е» вместо «Т» — не случайная описка, а отражение живых фонетических процессов в русских говорах.

В некоторых северных и среднерусских диалектах, особенно при быстром произношении или в условиях цоканья/чоканья, звук «т» перед мягким «и» мог ослабляться, переходить в нечто среднее между «т» и «ч», а затем и вовсе редуцироваться. Так «Тимофеев» на слух превращалось в «Еимофеев» — начальный согласный как бы «проглатывался», а оставшийся гласный «и» для благозвучия получал протетический (вставной) звук «е». Это не ошибка писаря, а закономерное диалектное явление, которое закрепилось в документах.

Морфологически фамилия строится по стандартной модели: основа «Еимофе(й)» + патронимический суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («сын Еимофея», то есть Тимофея). Встречаются и другие редкие фонетические варианты этой фамилии: Еимофеев, Имофеев, а также «окающие» формы вроде Омофеев. Все они восходят к одному источнику.

Носители фамилии Еимофеев, скорее всего, происходят из регионов, где было распространено «екающее» произношение — например, из Владимирской, Костромской, Вологодской или Архангельской губерний. Предки были крестьянами или мещанами, а сама фамилия, несмотря на редкость, не говорит о каком-то особенном сословии — это просто местный вариант, сохранивший живую народную речь в официальном документе.