Фамилия Экалекале — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти наверняка не имеет славянских корней и не образована по привычным моделям на -ов, -ин или -ский. Её основа, скорее всего, иноязычная, и чтобы понять происхождение, нужно смотреть в сторону языков народов Кавказа, Закавказья или, возможно, финно-угорской группы.

Самая вероятная версия связывает фамилию с грузинским или мегрельским языком. В грузинском есть слово «экале» (ეკალი) — «колючка», «шип», «тёрн». Повторение корня «экале» (Экале-кале) могло служить усилительным приёмом, характерным для некоторых кавказских языков, и означать «очень колючий», «весь в шипах» или «тернистый». Такое прозвище могли дать человеку с острым, колким характером, неуживчивому или, наоборот, тому, кто занимался сбором или обработкой колючих растений (например, тёрна для изгородей). Окончание «-е» вместо привычного русского окончания фамилии указывает на то, что исходная форма была зафиксирована без адаптации, как есть — Экалекале, а не Экалекалев.

Вторая, менее распространённая гипотеза — адыгское (черкесское) происхождение. В некоторых адыгских языках есть корни, созвучные «экале», которые могут означать «глухой» (в смысле звука, а не слуха) или «пустой». Повтор мог указывать на некое качество местности или предмета. Однако эта версия слабее, так как точных аналогов в адыгских фамилиях с таким удвоением не зафиксировано, а грузинская этимология даёт более прозрачное и логичное толкование.

В любом случае, фамилия Экалекале — не результат канцелярской ошибки или причуды писаря, а, скорее всего, точная запись кавказского прозвища, которое закрепилось за родом. Носители такой фамилии, вероятно, происходят из Западной Грузии (Мегрелия, Гурия) или из среды грузинских переселенцев. В русском контексте фамилия осталась в неизменном виде, не обросла суффиксами, что говорит о её относительно позднем попадании в документы — возможно, в XIX или начале XX века, когда уже не требовалось русифицировать каждую инородную фамилию.