Фамилия Екайкин — редкий пример того, как церковное имя превратилось в прозвище, а затем в фамилию, но не через стандартный суффикс. В основе лежит крестильное имя Иоаким (древнееврейское «Йоаким» — «поставленный Богом»). В народном произношении это имя часто редуцировалось: Иоаким превращался в Аким, Яким, а в некоторых говорах — в Еким. От формы Еким через суффикс -айк- (уменьшительно-ласкательный, как в «дедкай», «бабайка») образовалось прозвище Екайка — так могли назвать маленького Екима, сына или просто человека с этим именем. Фамилия Екайкин, таким образом, отвечает на вопрос «чей?»: сын Екайки.

Суффикс -ин указывает на принадлежность, но здесь он присоединён не к полной форме имени, а к прозвищной основе. Это характерно для северных и восточных регионов России, где фамилии на -ин особенно распространены. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречались в черноземных и южных областях, Екайкин — явный маркер «северного» или «сибирского» происхождения. Если бы фамилия образовалась от полного имени, мы бы получили Екимов или Акимов, но суффикс -айк- делает её более редкой и «домашней» по звучанию.

В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, разбираются подобные модели: от уменьшительных форм имён с суффиксами -ай, -айк, -ей, -ейк. Екайкин стоит в одном ряду с фамилиями Екимов, Екименко, Екишев, но выделяется именно своей суффиксальной «изюминкой». В говорах слово «екать» (путать звуки «е» и «ё», «я» и «е») не имеет отношения к фамилии — это случайное звуковое совпадение.

Географически фамилия редкая, в дореволюционных переписях встречается преимущественно в Вятской, Пермской и Костромской губерниях. В современной России носители Екайкиных рассеяны, но наибольшая концентрация — в Кировской области и на Урале. Сословно это почти всегда крестьяне или мещане: дворянских родов с такой фамилией нет.

Есть и менее правдоподобная версия, которую иногда выдвигают: связь с тюркским словом «екай» (крик, звук) или с именем Екай (вариант Икай). Но для русского ономастикона она избыточна — имя Иоаким даёт исчерпывающее объяснение без привлечения внешних заимствований. Фамилия не меняла написания и не имеет вариантов, кроме случайных орфографических ошибок в документах.