Фамилия Экдышман — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и не имя предка, а географическое название. Судя по финали «-ман», это типичная немецкая или еврейская (ашкеназская) фамилия, образованная по модели «топоним + человек». Вторая часть «-ман» (нем. Mann — «человек, мужчина») указывает на выходца из определённого места. Первая часть — «Экдыш» — почти наверняка искажённое название населённого пункта.

Скорее всего, Экдышман — это вариант фамилии Экштейн (Eckstein) или Экштайн, переосмысленный в немецкоязычной среде. Но если отталкиваться от буквального звучания, то «Экдыш» может быть русифицированной формой названия города Экдаль (Ekdahl) в Швеции или местечка Экдиш (Eckdysch) в Восточной Пруссии (ныне территория Польши). В таком случае фамилия означала «человек из Экдиша/Экдаля». Переселенцы из немецких колоний или еврейские семьи, получившие фамилии при паспортизации в XIX веке, часто записывали названия родных деревень с искажениями на слух.

Другая, менее вероятная версия — от тюркского корня «экдиш» (сравни с татарским «эктеш» — «посев, пахота»). Тогда фамилия могла бы быть искусственной, придуманной при переходе на оседлость у поволжских татар или башкир, но суффикс «-ман» для тюркских языков нетипичен. Для русского уха фамилия звучит как сложное слово с чуждой морфологией, что подтверждает её иноязычное происхождение.

Сословно носители фамилии Экдышман, скорее всего, не принадлежали к дворянству. В Российской империи такие фамилии встречались среди мещан, ремесленников и колонистов. Встречаемость фамилии крайне низкая — единичные записи в метрических книгах конца XIX века, в основном в черте оседлости (Волынская, Подольская губернии) и в Поволжье. Сегодня фамилия практически исчезла или сохранилась в единичных семьях, что делает её ономастическим раритетом.