Фамилия Екинекова — женская форма фамилии Екинеков. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому мужскому имени Екинек. Если разобрать это имя по составу, то корень «ек» в тюркских языках часто связан с понятием «сеять», «возделывать землю», а суффикс «-нек» мог указывать на орудие труда или деятеля. Таким образом, имя Екинек могло означать «сеятель», «земледелец» или «пахарь». Это прозвище-имя давали человеку, чья жизнь была тесно связана с землёй, либо как пожелание плодородия и благополучия.

Словообразовательная модель фамилии Екинеков — классическая для русских фамилий тюркского происхождения: к основе (Екинек) добавляется русский патронимический суффикс «-ов», который указывает на принадлежность («чей?» — сын Екинека). Фамилия могла закрепиться в среде крещёных татар, башкир или других тюркоязычных народов, вошедших в состав Российского государства, где фамилии образовывались по русскому образцу от дохристианских имён.

В отличие от многих фамилий на «-ов», которые ведут происхождение от православных имён, Екинеков — редкий случай, когда в основе лежит не календарное имя, а тюркское прозвище, связанное с земледелием. В русском языке фамилия звучит непривычно из-за сочетания «ек» в корне, что сразу выдает её восточные корни. Географически фамилия Екинекова сегодня встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области, а также в местах расселения казахов.

Таким образом, предки носителей фамилии Екинекова были, по всей вероятности, земледельцами или получили прозвище «Сеятель» за свой труд, а сама фамилия оформилась уже в русской среде как указание на то, чьими детьми и внуками являются её носители.