Фамилия Экмекчи — редкий для России пример фамилии, образованной напрямую от названия профессии в тюркских языках. В основе лежит турецкое слово «ekmek» — хлеб. Суффикс «-чи» (встречается также в написании «-джи») в тюркских языках обозначает деятеля, того, кто занимается ремеслом или промыслом. Таким образом, Экмекчи — это хлебопёк, пекарь. В османской Турции так называли человека, который выпекал хлеб и торговал им, часто владельца небольшой пекарни.

В русском языке фамилия не склоняется как типичная славянская, а остаётся в неизменной форме, что указывает на её позднее закрепление и иноязычное происхождение. Чаще всего носители фамилии Экмекчи — это потомки крымских татар, турок или представителей других тюркских народов, переселившихся на территорию Российской империи в XVIII–XIX веках. Встречается фамилия и у армян, живших в Османской империи, где она тоже могла быть либо профессиональным прозвищем, либо фамилией, полученной при переписи.

Интересно, что в отличие от русских фамилий на «-ов» и «-ин», которые тоже могли быть образованы от названия ремесла (например, Мельников, Кузнецов), фамилия Экмекчи сохранила тюркскую словообразовательную модель. Она не прижилась в форме «Экмекчиев» или «Экмекчинов» — такие варианты встречаются лишь у единичных носителей, и это говорит о том, что фамилия была зафиксирована в документах уже в готовом, «сыром» виде, без русификации. В современной России фамилия остаётся малочисленной и географически привязана в основном к южным регионам — Краснодарскому краю, Крыму, Ростовской области, а также к крупным городам, куда мигрировали потомки тюркских народов.