Фамилия Екония — редчайший случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев, -ин или -ский. Её окончание -ия скорее отсылает к фамилиям грузинского происхождения, где такие окончания (например, -ия, -ава, -дзе) широко распространены. Однако корень «Екон-» не имеет прямых аналогов в грузинском языке, что делает происхождение фамилии спорным.

Самая вероятная версия — фамилия образована от греческого имени или прозвища. В греческом языке есть имя Икониос (Ικόνιος) — от слова «икона» (εικόνα), то есть «образ», «изображение». В русской народной среде греческие имена нередко адаптировали, заменяя начальное «И» на «Е» (как в случае с Егор из Георгий или Елизавета из Элисавет). Так Икониос мог превратиться в Еконий, а фамилия Екония — это форма родительного падежа, закрепившаяся в качестве фамилии (буквально «из рода Екония»). Предок мог быть иконописцем, монахом при иконе или просто получить прозвище за сходство с иконописным ликом.

Менее убедительная гипотеза связывает фамилию с тюркским корнем «екон» — «хозяин», «владелец». Но в таком случае ожидалось бы окончание -ов или -ев, а не -ия. Фамилии с суффиксом -ия в русской среде почти всегда указывают на иноязычное, чаще всего греческое или южнославянское, происхождение.

Географически фамилия Екония встречается крайне редко. Единичные носители зафиксированы на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где исторически жили греческие общины. Встречается она и на Украине, в Запорожской области. Это косвенно подтверждает греческую версию: фамилия могла попасть в русский язык вместе с переселенцами из Крыма или Приазовья в XVIII–XIX веках.

Таким образом, фамилия Екония — скорее всего, греческая по корню, но оформленная по русской грамматической модели. Её носители, вероятно, потомки греческих переселенцев, а исходное прозвище могло быть связано с иконописью или церковной службой.