Фамилия Экшекеева — редкая и, скорее всего, тюркская по происхождению, с характерным для многих народов Поволжья и Урала суффиксальным оформлением. Её основа, Экшек-, почти наверняка восходит к тюркскому слову «эшәк» (ишак, осёл) или к его диалектным вариантам. В башкирском, татарском и казахском языках «ишәк» (или «ешек») означает именно осла. Прозвище Экшек (или Экшекей) могли дать человеку за упрямство, выносливость или даже за внешнее сходство — в тюркской традиции такие бытовые прозвища не несли резко оскорбительного оттенка, а скорее фиксировали заметную черту.

Суффикс -еев указывает на патронимическую модель, характерную для фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или гласный. В русской передаче тюркских фамилий суффикс -ев (а не -ов) часто появляется после букв, обозначающих мягкость: Экшекеев буквально означает «сын (или потомок) Экшекея». Удвоение «е» в середине — результат стяжения: исходная форма, вероятно, звучала как Экшекеев или даже Экшекейев, где «кей» — уменьшительно-ласкательный аффикс в тюркских языках (ср. башкирское «кей» — «подобный» или просто ласка).

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Татарстану и Оренбуржью. Встречается она и у казахов, но реже, так как казахская фамильная модель чаще использует суффиксы -ов/-ев без дополнительного уменьшительного компонента. В русских переписях XIX века такая фамилия могла быть записана как Экшекеев, Экшекейев или даже Ишакеев — из-за разницы в произношении и попыток писцов передать тюркские звуки кириллицей.

Версия о происхождении от имени Экшек — не единственная. Возможна связь с монгольским «эхшэг» (двоюродный брат) или с древнетюркским «екшек» (нечто кривое, косое), но эти гипотезы слабее: они не объясняют суффикс -ей и не подтверждаются широким бытованием в Поволжье. Наиболее убедительным остаётся «ослиное» прозвище, которое со временем потеряло бытовой смысл и закрепилось как фамилия.

Носители фамилии Экшекеева — это, скорее всего, потомки башкирских или татарских крестьян, получивших фамилию при переписях конца XIX — начала XX века. Сословно это были тептяри, башкиры-вотчинники или государственные крестьяне. Точных сведений о знаменитых людях с такой фамилией нет, что только подтверждает её локальный, недворянский характер.