Фамилия Екшикеева — редкая и географически привязанная. В её основе лежит тюркское мужское имя Екшикей, которое, скорее всего, является производной формой от слова «екши» (в некоторых тюркских языках — «кислый», «горький»). В именах такое прозвище могло выполнять охранительную функцию: считалось, что «некрасивое» имя оттолкнет злых духов и убережет ребенка от сглаза.

Словообразовательная модель здесь характерна для южных регионов России, Поволжья и Казахстана. Фамилия образована по русскому патронимическому суффиксу -ев, который присоединили к основе имени Екшикей. Женское окончание -а указывает, что перед нами форма, закреплённая за женщиной (жена или дочь Екшикея). В документах мужской вариант должен выглядеть как Екшикеев, но в быту мог закрепиться и единый вариант с «а» на конце, если фамилия передавалась через женскую линию или была записана со слов матери.

Носители фамилии сосредоточены в основном в Оренбургской области, Башкортостане и у казахов Западного Казахстана. Это указывает на этническую основу: предки Екшикеевых, скорее всего, были тюркоязычными скотоводами или земледельцами из числа башкир, татар или казахов, которые после вхождения этих земель в состав Российской империи получили фамилию по имени главы семьи.

Интересная деталь: в отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, где корень прозрачен (Иванов, Петров), здесь мы видим редкий случай, когда исходное имя уже само по себе было мотивировано свойством или вкусом. Версия о происхождении от прозвища «екши» (кислый) не единственная: в казахском языке есть слово «екі» (два), а «екі шей» — «два чая», но это скорее случайное созвучие, нежели реальная основа. Более правдоподобно связывать фамилию именно с охранительным именем-оберегом.

Точных сведений о сословной принадлежности первых носителей нет. Скорее всего, это были крестьяне-башкиры или казахи, получившие фамилию в XIX веке при переписях. Встречаемость фамилии крайне низкая — она не входит даже в первую тысячу самых частых фамилий России, что делает её уникальным маркером для тех, кто её носит.