Фамилия Екудаева — женская форма фамилии Екудаев, а та образована от мужского личного имени или прозвища Екудай. Основа здесь — древнерусское некалендарное имя Екуд, которое в свою очередь является народной, обиходной формой крестильного имени Иуда. В русской традиции имя Иуда, несмотря на библейскую неоднозначность (апостол-предатель), использовалось в крестьянской среде, особенно в северных и центральных губерниях, где его переиначивали на свой лад: Екуд, Якуд, Окуд. Суффикс -ай (как в именах Малый — Малай, Косой — Косай) типичен для прозвищной модели: Екудай — это «сын или потомок Екуда».

Словообразовательная цепочка проста: каноническое Иуда → народное Екуд → производное Екудай (с уменьшительно-ласкательным или фамильярным оттенком) → фамилия Екудаев. Суффикс -ев (а не -ов) появился из-за мягкого окончания основы на «й»: Екудай → Екудаев. Фамилия редкая, её ареал, по доступным данным, тяготеет к Поволжью и Уралу, где подобные трансформации библейских имён встречались чаще, чем в центральной России.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского корня «екуд» или «якуд» со значением «собирать, накапливать» — в таком случае прозвище Екудай могли дать запасливому или прижимистому человеку. Но она слабая, так как фамилия фиксируется в русских переписях с XVII века именно в православной среде, где имя Екуд (Иуда) было хорошо известно. Социально предки носительницы фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, не имевшие отношения к духовенству (там Иуду избегали). В написании встречается путаница: иногда пишут Екудаева через «я» (Якудаева) — это диалектное произношение, не меняющее сути.