Фамилия Экунин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она похожа на типичную русскую фамилию с суффиксом -ин, но её основа ставит в тупик: никакого очевидного слова «экун» в русском языке нет.

Скорее всего, перед нами результат искажения или диалектного произношения более распространённой фамилии. Самый вероятный источник — фамилия Якунин, образованная от имени Якуня (народная форма от Яков или Иаков). В северных и сибирских говорах начальное «я» часто переходило в «е»: «его» вместо «яго», «ему» вместо «яму». Так Якунин мог превратиться в Экунина. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Якунин встречается в десятки раз чаще, а Экунин — её локальный вариант, закрепившийся в документах.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «экун» или «екун», которое в некоторых говорах означало «крикун», «плакса» (от глагола «екать» — кричать, плакать). В этом случае фамилия могла быть прозвищной: Экун — человек с громким голосом или капризный ребёнок. Однако следов такого прозвища в исторических источниках почти нет, что делает эту гипотезу слабой.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Экунин — «сын Экуна». Если это искажённый Якунин, то предок носителя фамилии был сыном Якуни — простого человека, крестьянина или ремесленника. Фамилия не дворянская и не купеческая, а типично крестьянская, возникшая не в центральных губерниях, а где-то на северо-востоке или в Сибири, где диалектные особенности сильнее всего меняли звучание имён.

Встретить Экуниных сегодня можно редко, в основном в Пермском крае, Кировской области и у потомков переселенцев в Сибири. Если ваша фамилия именно Экунин, а не Якунин, то, скорее всего, в роду была устойчивая традиция произношения, которая и закрепилась при записи в метрических книгах.