Фамилия Экутов — редкий пример того, как географическое произношение закрепилось в официальной записи. Её основа — каноническое крестильное имя Екýт (разговорная форма от Екýтий, которое, в свою очередь, восходит к греческому Экутий — «имеющий дом» или «домовладелец»). В русских говорах, особенно в северных и сибирских, начальное «е» под ударением часто переходило в «э»: говорили не «Екут», а «Экут». Фамилия буквально значит «потомок Экута».

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от полных или уменьшительных форм крестильных имён (как Петров, Иванов). Притяжательное значение «чей?» — «Экутов сын», «Экутова дочь» — со временем закрепилось за всем родом.

Интересно, что имя Екутий в святцах встречается крайне редко. Это делает фамилию Экутов не просто «фонетическим вариантом» фамилии Екутов, а самостоятельным памятником живой народной речи. Если бы предка записывали по церковным книгам, он стал бы Екутовым, но в быту, в переписи или в метрике, дьячок записал на слух — так и появилась фамилия с «э».

Встречается фамилия в основном в старообрядческих регионах Русского Севера и Зауралья, где диалектное «эканье» было особенно устойчивым. Носителей фамилии Экутов мало, и это один из тех случаев, когда написание фамилии точнее, чем её «правильная» книжная форма, передаёт историю произношения.