Фамилия Экзеков — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не славянское. Первое, что бросается в глаза, — корень «экзек-» не имеет очевидных параллелей в русских прозвищах или именах. Основа могла прийти из тюркских или кавказских языков, где сходные звуковые комплексы встречаются в именах и титулах.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским словом «экзек» (или «икзек») — так в некоторых тюркских диалектах называли князя, правителя или старейшину. В этом случае Экзеков — патронимическая фамилия, образованная по русской модели с суффиксом -ов: «сын Экзека». Суффикс указывает, что фамилию дали в русской среде, но сам корень указывает на нерусское происхождение родоначальника. Модель образования типична для фамилий, которые возникали у крещёных татар, башкир или представителей других тюркских народов Российской империи: исходное имя или прозвище превращалось в фамилию на -ов при переходе в русское сословие.

Менее вероятна, но возможна версия, что в основе лежит осетинское или кавказское имя. В осетинском языке есть имя «Экзек» (вариант «Акзек»), которое встречается в некоторых родословных. Тогда фамилия могла сформироваться в среде осетин, принявших православие и получивших русские фамильные окончания. Однако осетинских фамилий на -ов значительно меньше, чем тюркских, и это делает тюркскую версию статистически более вероятной.

География бытования фамилии Экзеков неширокая. В основном она встречается на Северном Кавказе (в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии) и в Ставропольском крае. Это подтверждает кавказско-тюркский след. В центральных русских областях фамилия практически не фиксируется, что указывает на её локальный, региональный характер.

Фамилия не имеет отношения к латинскому «executio» (исполнение, казнь) — это случайное звуковое совпадение. В русской среде такое прозвище не могло возникнуть, потому что слово «экзекуция» было книжным и не использовалось в быту для именования людей. По той же причине версия, что Экзеков — от слова «экзек» как варианта «экзекутор» (чиновник, исполняющий наказания), маловероятна: такие фамилии обычно образовывались от реальных прозвищ, а не от должностей с латинским корнем.

Таким образом, Экзеков — фамилия, которая с высокой вероятностью указывает на тюркское происхождение предка, носившего имя или прозвище со значением «князь» или «правитель». Она прошла через русскую фамильную модель, но сохранила память о родоначальнике, который был заметной фигурой в своей общине.