Фамилия Эленфлёр — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не исконно славянская по происхождению, а пришла из французского языка. Разбираем её по частям: «Элен» (Hélène) — французский вариант имени Елена, а «флёр» (fleur) переводится как «цветок». Таким образом, буквальное значение — «цветок Елены» или «Еленин цветок».

Скорее всего, фамилия возникла не как прозвище, а как искусственное, литературное или «благозвучное» образование. В России XVIII–XIX веков, особенно в дворянской среде, было модно давать фамилии французского склада. Иногда их придумывали для себя обрусевшие иностранцы, иногда — получали в духовных семинариях. В семинарской среде фамилии на «флёр» (от fleur — цветок) давали способным ученикам как поэтический эпитет.

Другая версия — фамилия могла появиться у потомков французских эмигрантов, бежавших в Россию после Великой французской революции. Но в этом случае она должна была бы писаться слитно или через дефис (Эленфлёр или Элен-Флёр) и быть скорее прозвищем, которое закрепилось за родом.

Суффиксальной обработки, типичной для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), здесь нет. Фамилия застыла в форме французского словосочетания. Это говорит о том, что она могла принадлежать либо человеку, который сам её выбрал (например, при поступлении на службу или в учебное заведение), либо представителю семьи, сохранившей иностранное написание. Географически такие фамилии чаще встречались в столичных губерниях — Петербургской и Московской, а также в местах компактного проживания французских колоний.

Точных сведений о сословной принадлежности носителей фамилии Эленфлёр нет, но учитывая её «цветочный» и книжный характер, можно предположить, что её корни — в среде образованного дворянства или городской интеллигенции, а не в крестьянской или купеческой среде.