Фамилия Елькеева — женская форма фамилии Елькеев, и её происхождение стоит искать в тюркских или финно-угорских корнях, что делает её необычной для центральной России. Основа фамилии, скорее всего, восходит к личному имени Елькей (или Елькай), которое в татарском, башкирском или марийском языках могло быть производным от слов «ел» (ветер) или «иль» (страна, родина) с уменьшительным суффиксом -кей. В таком случае имя Елькей означало бы «ветерок» или «родной», «земляк». Возможна и версия, что в основе лежит прозвище, связанное с диалектным словом «елька» — так в некоторых говорах называли ёлку или хвойное дерево, но для фамилий, оканчивающихся на -еев, тюркская основа встречается гораздо чаще.

Суффикс -ев (в женском варианте -ева) указывает на принадлежность: Елькеев — потомок Елькея. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от иноязычных имён, особенно в Поволжье и Приуралье, где русские и тюркские народы веками жили рядом. Фамилия Елькеева, вероятнее всего, возникла в среде крещёных татар, мишарей или марийцев, которые принимали православие и получали фамилии по имени отца. В дореволюционных метрических книгах Казанской, Симбирской или Уфимской губерний можно встретить носителей этой фамилии, что подтверждает её региональную привязку.

С точки зрения социального контекста, предки современных Елькеевых, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская и не купеческая, а массовая, возникшая в XVIII–XIX веках при фиксации фамилий у государственных крестьян. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Елькей не было широко распространено, а сама модель на -еев для тюркских основ встречается реже, чем на -ов. Если сравнивать, например, с фамилией Елькин (от слова «ель»), то Елькеев стоит особняком — её тюркское происхождение почти не вызывает сомнений, и это главное, что стоит знать человеку, ищущему свои корни.