Фамилия Ёлкопупкин — редкий случай, когда основа прозвища прозрачна, а вот механизм её появления вызывает споры. В ней отчётливо слышны два корня: «ёлк-» (от «ёлка») и «пупк-» (от «пупок»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ёлкопупкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Ёлкопупок.

Самая правдоподобная версия — прозвище дали человеку с заметной физической особенностью, например, с родинкой или шрамом на животе, который напоминал ёлочку. В русской диалектной традиции «пупком» называли не только сам пупок, но и любой округлый бугорок или выпуклость. «Ёлка» же в народной речи могла означать не только дерево, но и узор, похожий на ветви. Соединение этих слов в одно прозвище — типичная для северных и центральных говоров модель: так образовывали меткие, иногда насмешливые уличные имена.

Менее вероятна, но не исключена связь с обрядовой стороной жизни. В некоторых губерниях на Святки или в день Рождества было принято украшать не только дом, но и себя: парни могли привязывать к поясу еловые ветки. Если кто-то делал это особенно нелепо или постоянно, его могли прозвать Ёлкопупком — «пупком» в переносном смысле, то есть центром или затейником.

Фамилия не встречается в массовых списках дворянских родов и не фиксируется в ранних писцовых книгах. Это указывает на её позднее происхождение — скорее всего, XVIII–XIX век, когда крестьяне и мещане получали фамилии по уличным прозвищам. Географически носители фамилии тяготеют к Вологодской и Архангельской областям, где «ёлка» в говорах могла звучать как «ёлка» с твёрдым «л», и где сохранилась традиция сложных прозвищ-сращений.

Словообразовательная модель здесь необычна: два корня соединены напрямую, без соединительной гласной. В русских фамилиях такое встречается редко (сравните: Вертихвостов, Забодайкин), но для прозвищ это нормально — устная речь не терпит лишних слогов. Суффикс -ин, а не -ов, тоже характерен для прозвищ, образованных от слов женского рода («ёлка» — женского рода, хотя прозвище могло принадлежать мужчине).