Фамилия Эльнатанов — одна из тех, что сразу выдают недавнее происхождение и нерусскую основу. Её не встретишь в старых писцовых книгах, и искать в ней древнюю славянскую морфологию бесполезно. Перед нами яркий пример искусственной, «кабинетной» фамилии, которая появилась в среде еврейского населения Российской империи в XIX веке, когда государство обязало всех евреев закрепить наследственные фамилии.

Разобрать её несложно. В основе лежит имя Эльнатан (или Эль-Натан), что в переводе с иврита означает «Бог дал» или «дарованный Богом». Это библейское теофорное имя — прямое указание на божественный дар. Суффикс «-ов» здесь играет роль чисто русского патронимического окончания, отвечающего на вопрос «чей?». Получается: Эльнатанов — «сын Эльнатана», «принадлежащий к роду Эльнатана». Модель образования типична для ашкеназских фамилий, которые часто «обрусевали» именно таким способом: к еврейскому имени или прозвищу добавляли славянский суффикс.

Главная особенность фамилии — её искусственный, недиалектный характер. В крестьянской среде фамилии складывались веками из прозвищ по ремеслу, внешности или месту жительства. Здесь же — прямое, почти официальное переложение личного имени в фамилию. Поэтому предок носителя фамилии Эльнатанов, скорее всего, был не крестьянином, а жителем местечка или города, возможно, имел отношение к торговле, ремеслу или религиозному образованию. Фамилия не указывает на профессию, а лишь фиксирует имя основателя рода.

Искать географию фамилии стоит в черте оседлости Российской империи: на территории современных Украины, Беларуси, Молдовы и юго-западных областей России. Встречается она редко, что тоже говорит в пользу её позднего происхождения и узкого распространения. Сравните с однокоренной, но более частой фамилией Натанов — у той основа та же, но без божественного префикса «Эль-». Эльнатанов звучит торжественнее и книжнее, что вполне могло быть сознательным выбором раввина или писаря, оформлявшего документы.