Фамилия Ем — одна из тех редких русских фамилий, чья история уходит корнями в мир прозвищ, а не в крестильные имена. В отличие от большинства фамилий, образованных от канонических церковных имен (Иван → Иванов, Петр → Петров), основой для Ем послужило живое, бытовое слово, и это сразу выделяет её среди соседей по частотности.

Самая прямая и очевидная версия связывает прозвище Ем с глаголом «есть». В старину такое прозвище могли дать человеку с отменным аппетитом — гурману, любителю плотно и вкусно поесть, тому, про кого говорили: «Ест за вола, а работает за комара». В крестьянской среде, где еда была мерой достатка и здоровья, такое прозвище не было обидным. Оно могло закрепиться и за хлебосольным хозяином, у которого «в еде и в делах скромность неуместна», или за привередливым едоком. Русский фольклор полон пословиц о еде — от «Всякому нужен и обед и ужин» до «Недосол на столе — пересол на спине», — и прозвище Ем органично вписывается в этот пласт народной культуры.

Существует и другая, менее распространенная версия. Согласно ей, Ем — это сокращенная форма восточного мужского имени Емен. В переводе с тюркского «емен» означает «дуб». В таком случае имя-оберег должно было передать мальчику силу, крепкое здоровье и несгибаемость, подобно могучему дереву. Эта версия объясняет появление фамилии в регионах с сильным тюркским влиянием, хотя славянская основа всё же выглядит более вероятной из-за прозрачности внутренней формы.

Короткая, односложная фамилия Ем стоит особняком в ряду типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Она не имеет патронимического суффикса, что указывает на её позднее закрепление или на то, что прозвище было настолько ярким и индивидуальным, что не потребовало дополнительных грамматических оформлений. По сути, фамилия сохранила исходное прозвище в чистом виде, без изменений, что делает её своеобразным памятником не церковной, а разговорной, бытовой традиции именования на Руси.