Фамилия Ембалаева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить типичные для русского ареала суффиксы (-ов, -ев, -ин), то в основе лежит нечто иноязычное. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, заимствованного из тюркских языков, что типично для южнорусских и поволжских регионов, где веками шло смешение с татарами, башкирами или казахами.

Ключ к разгадке — корень «ембалай» или «ямбалай». В тюркских языках «ям» или «йам» означает «почтовая станция» или «смена лошадей» (отсюда и русское слово «ямщик»), а «бала» — «дитя» или «мальчик». Таким образом, «Ямбала» или «Ембала» могло быть прозвищем сына ямщика, то есть «почтового парня», или же именем-оберегом, данным ребёнку, родившемуся в дороге. Суффикс «-ев» в фамилии Ембалаева — чисто русский, он присоединился к основе уже при русификации, когда носителя записали в документах по отцу: «чей сын? — Ембалаев».

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с географическим названием. В Башкортостане существует деревня Ембалаево, и фамилия могла произойти от топонима, указывая на выходца из этого села. Однако для фамилий на «-ев» первичным обычно оказывается личное прозвище, а не название места.

В отличие от распространённых фамилий на «-ов», здесь нет патронимического суффикса «-ович», что указывает на позднюю фиксацию, вероятно, уже в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по имени отца. Носитель фамилии Ембалаева, скорее всего, потомок человека с некалендарным, бытовым именем Ембалай, которое в крестьянской среде могло закрепиться как прозвище по занятию или месту жительства.