Фамилия Ембердина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы разобраться, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Емберды). Основа — Емберд-, и вот тут начинается главное.

Скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной от тюркского имени или прозвища. Корень «Ембер» (или «Ямбер») восходит к диалектным формам имени Янберды (Янбирде) — что в переводе с татарского или башкирского означает «душа дала» или «дарованный душой». Вторая часть «-ды» в исходном имени — типичный тюркский глагольный суффикс прошедшего времени («дал»). Таким образом, Ембердин/Ембердина — это «потомок того, кого назвали Янберды». Усечение «Ян» до «Ем» — фонетическое явление, встречающееся в говорах.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «ембер» (ямбур, ямбер) — так в некоторых русских говорах называли плотную ткань или вид сукна. Тогда прозвище Емберда мог получить ткач или торговец сукном. Но эта гипотеза слабее: слово редкое, а фамилия явно тяготеет к восточным регионам (Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан), где тюркские антропонимы — основа местного ономастикона.

Фамилия Ембердина — женская форма, мужская — Ембердин. По суффиксу -ин она вписывается в стандартную русскую модель, но основа выдает нерусские корни. Носители фамилии, скорее всего, потомки крещеных татар или башкир, либо русских, живших в смешанной среде и перенявших имя соседей. Точных сведений о сословной принадлежности нет, но массово такие фамилии закрепились в среде государственных крестьян и однодворцев южных и восточных окраин России.