Фамилия Эмексезян — одна из тех, что сразу указывает на армянское происхождение, причём довольно редкое. Её основа — слово «эмекс» (арм. էմեքս), которое переводится как «упрямый», «своенравный», «твердолобый». В армянском языке это прилагательное с ярко выраженной отрицательной или ироничной окраской: так говорили о человеке, которого невозможно переубедить, который стоит на своём вопреки всему. Тюркские параллели (схожие корни в турецком и азербайджанском) здесь вторичны — фамилия явно армянская по словообразованию.

Суффикс -ян (вариант -зян после гласной или сонорной) — классический патронимический показатель в армянских фамилиях, означающий «родом из», «принадлежащий к». В данном случае он присоединён не к имени, а к прозвищу. То есть Эмексезян — буквально «из рода Упрямца» или «потомок того самого упрямца». Такая модель типична для армянских фамилий XIX века, когда прозвища, данные за характер или поведение, закреплялись за целыми семьями.

Географически фамилия скорее всего восходит к западным армянам — выходцам из Западной Армении (территория современной Турции), где такие прозвища бытовали в быту до геноцида 1915 года. После массового исхода носители фамилии расселились по диаспоре: в России, Франции, США, Ливане. В самой Армении фамилия встречается, но нечасто — это не массовая, а локальная или семейная линия.

Сравнение с однокоренными фамилиями (например, Эмексян, Эмекс) показывает, что вариант с -зян — более полный, возможно, возникший из-за особенностей произношения в диалекте (переход «с» в «з» перед гласным). В русском написании фамилия сохранила армянскую транслитерацию, без русификации (в отличие от вариантов вроде Эмексезов, которые могли бы появиться при адаптации). На сегодняшний день Эмексезян — это фамилия с прозрачной, хоть и нелестной, этимологией: она напоминает, что предок носителя был человеком твёрдого, неуступчивого нрава, и это качество закрепилось в родовом имени.