Фамилия Емиксазйан — редкий случай в русском ономастиконе. Её структура сразу выдаёт нерусское происхождение: конечное -ян указывает на армянскую модель образования фамилий, где этот суффикс означает принадлежность к роду или происхождение от предка. Основа Емиксаз-, скорее всего, восходит к сложному имени или прозвищу.

Разбор корня затруднён из-за необычного сочетания звуков, но можно предположить армянскую основу. Первая часть — «Емик» — вероятно, вариант имени «Эмик» или «Емик», которое в армянском языке может быть уменьшительной формой от «Ерем» (Иеремия) или самостоятельным именем, означающим «смелый», «отважный». Вторая часть — «саз» — в армянском языке означает «гусь». Таким образом, Емиксазйан могло означать «потомок Емика-гуся» или «из рода Емика, связанного с гусями». Не исключено, что «Саз» было отдельным прозвищем, а «Емик» — именем, и фамилия образована от их слияния: «Емик и Саз» или «Емик, сын Саза».

Вероятнее всего, фамилия сформировалась на территории исторической Армении или в армянских диаспорах, а затем попала в русский контекст через миграцию. Носители такой фамилии могли быть крестьянами или ремесленниками, а прозвище могло отражать род занятий (например, разведение гусей) или внешнюю черту. В русском языке фамилия сохранила исходное написание, характерное для западных диалектов армянского, где «Е» передаёт звук, близкий к «Э». Сравнение с фамилиями типа Емикян или Сазонян показывает, что Емиксазйан — редкий пример двусоставной основы, не разбитой на отдельные части.