Фамилия Эмирчубанов — редкий пример сложения двух тюркских основ, застывших в русской паспортной форме. Она явно распадается на две части: «эмир» и «чубан». Первая восходит к арабскому «амир» (повелитель, князь, военачальник), которое через тюркские языки вошло в обиход многих народов Кавказа и Средней Азии. Вторая часть — «чубан» — тюркское слово, означающее «пастух» (сравните с турецким çoban, азербайджанским çoban, кумыкским чобан). Таким образом, буквально Эмирчубанов — это «сын пастуха-эмира» или «потомок того, кого звали Эмир-пастух».

Словообразовательная модель здесь — русский суффикс принадлежности -ов, прикреплённый к тюркскому составному имени или прозвищу. Скорее всего, исходное прозвище Эмирчубан (или Эмир-Чобан) дали человеку, который либо служил пастухом при знатном лице, либо, напротив, был знатного рода, но занимался пастушеством, либо просто сочетал в характере властность и простоту. Фамилии с таким контрастным смыслом (например, Бекмурадов, Ханпашаев) типичны для народов, где титулы и профессии свободно соединялись в личных именах.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркоязычным населением, испытавшим влияние русской административной системы XIX–XX веков: это Дагестан, Азербайджан, отчасти Чечня и Ингушетия. Встречаются варианты написания Эмирчобанов, Эмир-Чубанов, но форма с «у» после «ч» — результат местного произношения и адаптации через русскую графику. В метрических книгах и списках XIX века такую фамилию могли записать по-разному в зависимости от диалекта писаря.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, образованных от одного корня (Чубанов, Эмиров), Эмирчубанов сохраняет в себе целую миниатюрную биографию: она намекает на социальный контраст или прозвищное имя, которое не было переосмыслено в быту. Это не дворянская фамилия — суффикс -ов здесь не указывает на сословие, а лишь оформляет отчество или прозвище в русскую фамильную норму. Носители фамилии, вероятно, происходят из среды крестьян или горских общин, где личное имя могло звучать как Эмирчубан, а при записи в русские документы получило стандартное окончание -ов.