Фамилия Емленинов — редкий случай, где разбор начинается не с корня, а с суффикса. В ней спрятан суффикс -ин-, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: чей? — Емленинов, то есть сын или потомок Емленина. Но перед нами не просто -ин, а сложная цепочка: Емленин + -ов. Формально фамилия образована от более ранней фамилии или прозвища Емленин (с суффиксом -ин) путём прибавления патронимического -ов, что встречается нечасто. Чаще всего так закрепляли фамилию за целым родом, а не за одним человеком.

Основа фамилии — Емлен(ин). Здесь корень «емл-» (от древнерусского «емлю», «имати» — брать, хватать, владеть). В старину «емля» означала «взятие», «захват», а «емец» — сборщик податей или пошлин. Прозвище Емля или Емлен могли дать человеку хваткому, цепкому, либо тому, кто занимался сбором дани или откупов. Суффикс -ен- (вместо более привычного -к-) в основе указывает на возможное прозвище с оттенком действия: «тот, кого взяли» или «тот, кто берёт». В говорах встречается слово «емленик» — так называли приёмыша, взятого в дом ребёнка, или же человека, находящегося в услужении по найму.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Емля в Вологодском и Архангельском уездах. Оттуда, скорее всего, и пошли Емленины. В XIX веке фамилия фиксируется в основном в Вятской и Пермской губерниях — регионах, куда переселялись северяне. Социально носители были преимущественно государственными крестьянами, реже — мещанами.

Интересно, что написание фамилии могло колебаться: в старых метрических книгах встречаются варианты Емленинов и Ямленинов (через «ять» или с начальным «я»). Это не ошибка, а отражение северного акающего произношения, где «е» звучало как «я». В современном написании закрепилась форма с «е», что ближе к исходному корню.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Емельянов, Емцев, Емлин — то Емленинов стоит особняком: у него двойной патронимический суффикс, что говорит о более позднем оформлении фамилии, возможно, уже в XVIII–XIX веках, когда фамилии давали целым семьям по прозвищу главы дома. Версия о происхождении от «емленик» (приёмыш) выглядит правдоподобнее, чем от сборщика податей: прозвища по социальному статусу или семейному положению давали чаще, чем по должностям, особенно в крестьянской среде.