Фамилия Емшикова — женская форма фамилии Емшиков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Слово «Емшик» в русском языке имеет несколько возможных корней, и самый прямой из них — профессиональный. В северных и сибирских говорах «емшик» или «ямщик» — это возчик на почтовых лошадях, ямщик. Форма с «е» вместо «я» — диалектная или результат упрощения произношения в некоторых регионах. Таким образом, основатель рода Емшиковых мог заниматься извозом, перевозкой грузов или людей, и его прозвище закрепилось за потомками.

Суффикс «-ов» в фамилии Емшиков указывает на типичную модель образования от прозвищ на согласный: Емшик + -ов = «сын Емшика». Это одна из самых распространённых патронимических моделей в русской ономастике, характерная для основной массы крестьянских и мещанских фамилий центральной России и Поволжья. Интересно, что фамилия могла возникнуть не только от прямого названия профессии, но и от личного имени Емша — уменьшительной формы от Емельян (через вариант Емеша, где «е» перешло в «ё» или «е»). В этом случае корень теряет профессиональную окраску и связывается с церковным именем Емельян (в переводе с греческого — «льстивый»).

Регионально фамилия Емшикова встречается не повсеместно. Её ареал тяготеет к северо-востоку европейской части России — Архангельской, Вологодской, Кировской областям, а также к Уралу. В этих местах ямщицкий промысел был особенно развит из-за протяжённых трактов и сложных дорог. Если предок был именно ямщиком, то фамилия могла закрепиться в среде государственных крестьян или даже в слободах при почтовых станциях. Есть и более редкая версия: «емшик» могло быть прозвищем человека, который постоянно жевал что-то (от глагола «ем» — ем, жую), но она менее убедительна, так как такая мотивация не типична для массовых фамилий.

В написании фамилии встречается вариант «Ямшикова» — он отражает литературную норму, но форма через «е» фиксирует местное произношение, что делает её ценной для историков диалектов. Сословно носители фамилии в основном относились к крестьянству, реже — к мещанству. Дворянских ветвей с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народные корни.