Фамилия Ендоренко — один из тех случаев, когда корень слова ведёт не в профессию или прозвище, а напрямую в библейскую географию. В её основе лежит топоним Ендор — так назывался древний ханаанский город, упоминающийся в Ветхом Завете. Название Ендор переводят как «источник Дора» или «источник дома, жилища». Город находился в наделе колена Иссахарова, между горами Фавор и Малый Ермон, у потока Киссон. Именно при Ендоре ханаанский царь Иавин потерпел поражение от израильтян. Но самое известное событие, связанное с этим местом, — ночной визит царя Саула к Аендорской волшебнице, которая по его просьбе вызвала дух пророка Самуила. Сегодня на месте древнего города стоит небольшая бедная деревня Эндур.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, означающий «потомок», «сын» или «маленький». В данном случае он присоединён не к личному имени, а к географическому названию. Модель «топоним + -енко» встречается реже, чем фамилии от имён или прозвищ, но она вполне логична: такую фамилию мог получить человек, переселившийся из Ендора, или его потомок. Скорее всего, основатель рода Ендоренко родился в этой местности или имел к ней прямое отношение.

Фамилия звучит нехарактерно для славянского уха, и это не случайно. В украинской ономастике фамилии на -енко от библейских топонимов — большая редкость. Обычно такие названия встречаются у еврейских фамилий, образованных по немецкой или идишской модели, например: Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток»), Левенфиш («рыба-лев»), Цигенбаум («козье дерево»), Квечман («высказываться неохотно»). Ендоренко стоит в этом ряду особняком: оно использует славянский суффикс, но корень остаётся древнееврейским. Это может указывать на то, что носитель фамилии или его предки жили в среде, где смешивались еврейская и украинская традиции имянаречения.

География фамилии сегодня не слишком широка. Ендоренко встречается в основном на востоке Украины и в южных областях России, единичные записи есть в Беларуси. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом распространении в исторических документах нет — это редкая фамилия, которая не попала в крупные сословные списки. Её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами из черты оседлости.