Фамилия Енимехмедовы — составная, и её разумнее разбирать по частям, а не искать единый корень. Первая половина, Ени, восходит к тюркскому слову «ени» — «новый». Вторая часть — Мехмед, вариант арабского имени Мухаммад, то есть «восхваляемый, прославляемый». Скорее всего, прозвище Енимехмед дали ребёнку с пожеланием, чтобы он стал достойным мусульманином, или же оно указывало на «нового» в роду, названного в честь пророка.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, что типично для фамилий, возникших в среде крещёных или служилых татар, а также других тюркских народов. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — сын Енимехмеда.

Своими корнями фамилия уходит в XV–XVII века, когда выходцы из Золотой Орды, печенеги, половцы и другие тюркские группы активно вливались в состав русского дворянства и служилого сословия. Многие нерусские по происхождению дворяне в России сохраняли в фамилиях восточные основы, и Енимехмедовы — один из таких примеров. Сведения о восточном происхождении этой фамилии считаются достаточно точными, поскольку имя родоначальника прямо указывает на его культурную и религиозную среду.

Интересно, что в отличие от более частых татарских фамилий на -ев (Ахметев, Батырев), здесь мы видим полное имя в основе, а не усечённое прозвище. Это говорит о том, что прозвище Енимехмед могло быть не бытовым, а почти официальным — возможно, так человека записали в переписных книгах или метриках. Фамилия остаётся редкой, и её носители, скорее всего, сосредоточены в регионах с историческим татарским или башкирским населением, хотя точных данных о географии нет.