Фамилия Енкудинов — редкий случай, когда за основу взято не имя, а прозвище, связанное с повадками или образом жизни. В её основе лежит древнерусское слово «енкуд» или «енкуда» — так в северных и центральных говорах называли сварливого, вздорного человека, задиру. Корень тот же, что и в слове «кудесить» (проказничать, колдовать), но с приставкой «ен-», усиливающей значение. Таким образом, Енкудинов — это потомок человека, которого в округе прозвали Енкуд, то есть «склочник» или «буян». В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов), здесь прозвище перешло в фамилию напрямую, минуя церковную традицию.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Енкудин, то есть сын Енкуда). Однако написание с -ов-, а не с -ин, встречающееся в некоторых вариантах (Енкудинов вместо более ожидаемого Енкудин), говорит о поздней унификации: в XIX веке при переписях многие прозвищные фамилии «подравнивали» под массовый образец на -ов. Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермской губернии — именно там зафиксированы ранние упоминания Енкудиновых среди государственных крестьян. В документах XVIII века встречаются формы «Онкудинов» и «Енкудинов», что подтверждает народное произношение с аканьем.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Куделин, Кудинов) показывает, что основа «куд» в русской ономастике устойчиво связана с характером, а не с ремеслом. Если Кудиновы могли происходить от имени Кудя (уменьшительное от Никодим), то у Енкудиновых церковная версия маловероятна — имя Енкуд не встречается ни в святцах, ни в календарях. Поэтому наиболее правдоподобное объяснение — прозвищное, бытовое. Носитель фамилии может считать, что его предок был человеком неуживчивым, но, возможно, именно эта черта помогла ему выжить в суровых условиях северного крестьянского быта.