Фамилия Еннэ, скорее всего, образована от имени Йеннэ (Jenne), краткой формы немецкого мужского имени Йоханнес (Johannes). Оно, в свою очередь, имеет древнееврейское происхождение и в переводе означает «Бог милостив». Следует также отметить, что в Финляндии встречается имя Ённэ, которое, предположительно, происходит от немецкого имени Йеннэ. Поэтому не исключено, что фамилия имеет финские корни. Кроме того, существует предположение, что фамилия Еннэ ведет свое начало от аналогичного прозвища. Оно, возможно, связано с названием коммуны Енне, расположенной в Италии, в регионе Лацио. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Еннэ был выходцем из этого населенного пункта.