Фамилия Еноземцев — один из тех редких случаев, когда написание и произношение разошлись настолько, что исходная форма почти стёрлась. Если произнести фамилию вслух, слышится «Иноземцев» — и это не случайная оговорка. Перед нами, скорее всего, диалектный или орфографический вариант фамилии Иноземцев, где начальное «И» перешло в «Е» под влиянием акающего произношения (в южнорусских и некоторых среднерусских говорах «и» в безударном положении звучит как нечто среднее между «и» и «е», а на письме закреплялось то, что слышали писцы). Встречается и обратный процесс — когда фамилию Еноземцев записывали как Иноземцев, считая первый вариант ошибочным.

Основа фамилии — прозвище Иноземец, то есть «чужеземец», «иностранец». В XV–XVII веках так могли назвать не только выходца из другого государства, но и человека из другого княжества, города или даже волости — для местных жителей он был «иноземцем». Прозвище не обязательно было обидным: часто его давали купцам, наёмным военным, мастерам-ремесленникам, приехавшим издалека. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Иноземца» (в родительном падеже Иноземцев — «чей?»). То есть Еноземцев — это «потомок того, кого звали Иноземцем».

В документах фамилия встречается с XVIII века, преимущественно в южных губерниях — Курской, Воронежской, Тамбовской, где аканье было особенно сильным. В некоторых ревизских сказках можно найти одно и то же семейство, записанное то как Иноземцевы, то как Еноземцевы — путаница была обычным делом. Родственными формами можно считать Иноземцев, Иноземов, а также более редкие Иноземский и Еноземский. В отличие от многих «географических» фамилий, Еноземцев не указывает на конкретную страну или народ — он говорит о положении человека в обществе: пришлый, чужак, который со временем стал своим, но оставил прозвище в наследство потомкам.