Фамилия Енсегенова — редкий пример, где географический корень почти наверняка перевешивает любой другой. Её основа — «Енсеген» — с высокой вероятностью восходит к топониму. На карте Казахстана есть озеро Енсеген (встречается и вариант Енсегень), расположенное в Костанайской области. От названия водоёма или расположенного рядом урочища могли образовать прозвище переселенца или первопоселенца: «Енсеген» — «тот, кто с Енсегена». Для степных и переселенческих регионов такой способ называния человека по месту выхода (с озера, реки, зимовки) был нормой.

Суффикс «-ов» (в женском роде — «-ова») стандартно указывает на принадлежность: «Енсегенов» буквально означает «сын Енсегена». Но это не отчество от крестильного имени, как в случае с Ивановым или Петровым, а указание на прозвище предка. Исходное слово «енсеген» в тюркских языках (казахском, ногайском, башкирском) может иметь значение «широкий, просторный» или относиться к какой-то особой примете местности. Впрочем, для фамилии первична именно географическая привязка — человек, переселившийся с озера Енсеген, становился Енсегеновым для своих новых соседей.

Фамилия явно восточного, тюркоязычного происхождения, хотя суффикс «-ов» — русский, патронимический. Это типичная ситуация для фамилий, которые фиксировались в официальных документах Российской империи у казахов, татар, башкир: местное имя или прозвище записывали на русский лад с суффиксом принадлежности. Родовое гнездо Енсегеновых, скорее всего, находится на севере современного Казахстана или в приграничных районах Оренбуржья, Омской области — в зоне исторического расселения казахов и контакта с русским населением.

Очень редкий случай: Енсегенова — это фамилия, которую с большой уверенностью можно назвать «озёрной». Если у вас есть семейное предание о переселении с какого-то конкретного места, стоит поискать упоминание озера Енсеген на старых картах — это может подтвердить историю рода точнее, чем любой словарь фамилий.