Фамилия Еня — редкий случай, когда в основе лежит не полное крестильное имя, а его краткая, обиходная форма. Мужское имя Евгений в переводе с греческого означает «благородный», но в быту на Руси его сокращали до простых и звучных вариантов: Еня, Женя, Гена. Именно от такой домашней формы и пошла фамилия.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -я в основе (Ен-я) выполнял ту же роль, что и современные уменьшительные суффиксы. В фамилии Еня нет дополнительных родовых окончаний вроде -ов или -ин, поэтому она относится к так называемым «русским фамилиям в именительном падеже» — склоняемым, но оставленным в исходной форме без изменений. Такие фамилии нередки на юге России и Украине, где традиция закреплять за человеком прозвище или усечённое имя без патронимического суффикса была сильнее, чем в центральных областях.

Интересная деталь: хотя имя Евгений — греческое и пришло на Русь с христианством, форма Еня могла возникнуть не только от него. В некоторых говорах «еня» — диалектное слово со значением «такой, сякой», а в псковских и тверских землях так называли ребёнка или младшего в семье. Поэтому не исключено, что фамилия могла закрепиться за человеком по прозвищу, данному из-за его мягкого или детского нрава. Однако основная и самая вероятная версия — от имени Евгений: именно она подтверждается массовостью фамилий, образованных от уменьшительных форм канонических имён.

Встречается фамилия Еня нечасто, и её носители, скорее всего, ведут род от крестьянина или мещанина, которого в документах записали по домашнему имени, без отчества. Сословной привязки здесь нет — такие фамилии могли получить и дворовые, и вольные хлебопашцы, и горожане. Главное, что отличает её от однокоренных Енин, Еньков или Евгеньев, — это сохранение исходной краткой формы, которая доносит до нас живую, неофициальную речь предков.