Фамилия Эпсютова — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Основа «Эпсют» практически не встречается в славянских именах и нарицательной лексике, зато легко узнаваема для тюркских языков. Наиболее вероятно, что в основе лежит тюркское личное имя или прозвище, образованное от корня «эпси» или «эпсю» — в ряде тюркских диалектов так называют разновидность полыни или другой горькой травы. Прозвище могли дать человеку с горьким, неуживчивым характером либо тому, кто жил в местности, изобилующей такой растительностью.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Эпсюта». Форма на «-ова», а не на «-ев», говорит о том, что основа оканчивалась на твёрдый согласный («т»). Мужской вариант фамилии — Эпсютов — образован по той же модели, что и тысячи других русских фамилий от тюркских корней (например, Ахметов, Булатов). Это типичная «вторичная» фамилия: сначала прозвище Эпсют закрепилось за одним человеком, а затем его дети и внуки стали писаться как Эпсютовы.

Отсутствие фамилии в массовых списках дворянства и купечества, а также её редкость позволяют предположить, что предки носителей фамилии были, скорее всего, выходцами из крестьянской или служилой среды южных и восточных окраин России — например, из районов Поволжья, Приуралья или Северного Кавказа, где исторически было сильное тюркское влияние. Встречаемость фамилии и сегодня крайне низкая, что делает её своеобразным маркером: если вы встретили Эпсютову, скорее всего, у неё есть родственники в тех же краях, откуда пошёл род. Иных версий — от греческого или финно-угорского корня — нет серьёзных оснований рассматривать из-за полного несовпадения фонетики и словообразовательных моделей.