Фамилия Ептухина — женская форма мужской фамилии Ептухин, и её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем, которое в русской традиции звучало как Ептух или Ептуха. Это редкий случай, когда основа фамилии не лежит на поверхности и не связана с широко распространёнными каноническими именами.

Скорее всего, в основе лежит просторечная, обиходная форма одного из христианских имён. Наиболее вероятная версия — происхождение от имени Евтихий (греч. «счастливый», «удачливый»). В народной речи имя Евтихий сокращалось и искажалось до форм Евтюх, Евтух, а затем и Ептух (с переходом «в» в «п» для упрощения произношения). Такая замена глухим звуком звонкого или сонорного — не редкость в диалектной фонетике. Таким образом, Ептух — это вариант имени Евтих, а сама фамилия означает «сын Евтиха» или «принадлежащий к роду Евтиха».

Суффикс -ин указывает на типичную для русского Севера и центральных областей модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на -а или -о. Ептухин — «чей?» — сын Ептухи. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, поскольку образована от обиходной, «уличной» формы имени, а не от полной церковной.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «ептуха» — так в некоторых говорах могли называть нерасторопного, простоватого или, наоборот, задиристого человека. Однако, учитывая, что имя Евтихий на Руси было хорошо известно (святой Евтихий, патриарх Константинопольский), антропонимическая версия выглядит убедительнее. Фамилия Ептухин — яркий пример того, как церковное имя, пройдя через горнило народного произношения, превратилось в необычную и запоминающуюся родовую метку.