Фамилия Эрденко звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или кавказская. Самая вероятная версия связывает её с тюркским словом «эрден» — «драгоценность», «сокровище», «жемчужина». В татарском, башкирском, казахском и других тюркских языках встречаются личные имена Эрден, Эрдэнэ, Эрдени с тем же значением. Учитывая украинский по форме суффикс -енко (указывающий на происхождение, родство, часто — на сына), фамилия Эрденко могла возникнуть на южных или восточных окраинах Российской империи, где тюркские имена адаптировались в славянскую модель фамилий. Таким образом, Эрденко — это «сын (или потомок) человека по имени Эрден», то есть «Драгоценный».

Менее распространённая, но допустимая версия — происхождение от калмыцкого «эрдни» (также «драгоценность», «сокровище»). Калмыки, исповедующие буддизм, часто давали мальчикам имя Эрдни, и в результате контактов с русским населением (особенно в Астраханской губернии, на Ставрополье, в донских степях) могла появиться фамилия Эрденко. В пользу этого говорит и то, что фамилия встречается в среде донских и кубанских казаков, впитавших в себя элементы местных культур.

Фамилия редкая. Она не фиксируется в классических словарях русских фамилий (например, у Унбегауна или Никонова), что подтверждает её позднее и локальное происхождение. Скорее всего, предки носителей фамилии Эрденко были крестьянами или казаками, получившими фамилию по имени отца-первопоселенца. Встречается она преимущественно в южных регионах России и на Украине, а также в среде поволжских татар, перешедших на русский язык. Искать её корни в русском языке бесполезно — это яркий пример того, как иноязычное имя «обрусело» или «украинизировалось» благодаря типичному фамильному суффиксу.