Фамилия Эсергепова — редкая и нестандартная для русского слуха. Её основа, судя по всему, тюркская или монгольская, а русское окончание -ова указывает на то, что фамилия была русифицирована и закрепилась в женской форме. Мужской вариант — Эсергепов.

Самая вероятная версия связывает фамилию с древнетюркским словом «эсер» (или «эсир»), которое означало «ум», «разум», «сознание». В некоторых тюркских языках, например в казахском и киргизском, есть слово «есір» — «безумный», «одурманенный», но более архаичное значение — «вдохновенный», «одержимый духом». Вторая часть, «геп», может быть вариантом корня «кеп» (форма, вид, образ) или «геп» (в диалектах — «смысл», «толк»). Таким образом, исходное прозвище Эсергеп могло означать «обладающий ясным умом» или, наоборот, «человек не от мира сего» — в зависимости от того, какое из значений брало верх.

С географической точки зрения фамилия почти наверняка происходит из регионов, где исторически смешивались тюркские и монгольские народы: Поволжье (татары, башкиры), Северный Кавказ (ногайцы, кумыки) или Алтай. В ономастических справочниках фамилия не упоминается, что говорит о её крайней малочисленности. Возможно, она возникла в среде татар-мишарей или в одном из сибирских татарских родов, где сохранились древние антропонимические модели.

Интересно, что фамилия не поддаётся привычной русской этимологии. В ней нет суффикса -ин или -ов, указывающего на принадлежность отцу по имени (как в фамилиях Иванов, Петров). Здесь суффикс -ов присоединён к целому прозвищу, что типично для поздних русифицированных фамилий из инородческой среды. Носители фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, которые в XIX веке получили фамилию по прозвищу предка.

Других версий, например связи с калмыцким или бурятским языками, строить не приходится из-за отсутствия данных. Фамилия Эсергепова — пример того, как за непривычным звучанием скрывается целый пласт степной культуры, где имя могло быть и характеристикой ума, и указанием на шаманский дар.