Фамилия Ескагдир — редкая и неоднозначная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а тюркское или арабо-тюркское. В основе лежит имя Ескагдир, которое представляет собой сложение двух компонентов. Первая часть, «Ес», восходит к тюркскому «ес» (память, разум) или к арабскому «иса» (через имя пророка Исы, то есть Иисуса в исламской традиции). Вторая часть — «кагдир» — искажённое «кадыр» или «гадир»: от арабского «кадир» (могущественный, всесильный) или «гадир» (ручей, поток, но чаще — как один из эпитетов Аллаха). Таким образом, имя Ескагдир можно перевести как «могучий разумом» или «Иса — всемогущий», что характерно для составных имён в мусульманских культурах, где нередко соединяли имя пророка с атрибутом Бога.

Фамилия образована по русской модели: к основе Ескагдир добавили нулевой суффикс (фамилия осталась в форме мужского имени) или же она закрепилась как русифицированная фамилия без типичных окончаний -ов/-ев. Такое часто случалось в XIX–XX веках, когда представители тюркских народов (татары, башкиры, казахи, ногайцы) получали паспорта, и их отчества или имена фиксировались как фамилии. Учитывая, что фамилия не склоняется по падежам как типичная русская (Ескагдир — Ескагдиру), можно предположить, что она сохранила исходную форму и не прошла полную адаптацию через суффиксы.

Географически носители фамилии Ескагдир встречаются в основном в регионах с татарским и башкирским населением (Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье), а также среди казахов. В дореволюционных метрических книгах она почти не фиксируется — это указывает на её относительно позднее оформление как фамилии, возможно, в советское время, когда многим мусульманам записывали фамилию по отцу или по родовому имени. Сословно предки могли быть крестьянами или мещанами, но не исключено, что имя носил мулла или человек, получивший образование в медресе, — составные имена с религиозным смыслом чаще давали в семьях, близких к исламской учёности.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ескалиев, Ескараев, Кадыров) показывает, что Ескагдир — более редкий вариант, где вторая часть не «кадыр», а именно «кагдир» с оглушением. Это может быть диалектной особенностью или ошибкой писаря, который записал имя на слух.