Фамилия Есоненко — яркий пример украинской модели образования фамилий. Суффикс -енко, характерный для Поднепровья, Левобережной и Слободской Украины, указывает на происхождение от носителя имени или прозвища, записанного в основе: Есон. В XVII–XVIII веках такие фамилии фиксировали принадлежность к казацкой старшине или крестьянству, но к XIX веку стали массовыми, и сейчас по одному только суффиксу о сословии предков судить нельзя.

Сама основа — Есон — вызывает вопросы. Это не каноническое православное имя, а скорее народная форма, которая могла возникнуть из нескольких источников. Самая вероятная версия: от крестильного имени Иоанн (в бытовом произношении Иван). В южнорусских и украинских говорах известны варианты вроде Ивон, Ивун, а Есон могло появиться через упрощение: Иван → Еван → Есон, с заменой «в» на «с» под влиянием диалектной речи. Менее вероятно, но возможно, что это форма имени Есип (Иосиф) или даже прозвище от глагола «есонуть» (ударить, стукнуть) — в некоторых говорах такое слово фиксировали, но оно редкое.

В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия Есоненко встречается почти исключительно на территории современной Украины: в Полтавской, Харьковской и Черниговской губерниях. Это подтверждает её локальный характер: она не получила широкого распространения за пределами региона, в отличие от фамилий на -енко с более распространёнными основами (Шевченко, Коваленко). В России и Беларуси носители Есоненко — почти всегда потомки переселенцев из украинских губерний.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: суффикс -енко прикреплён к основе Есон-, которая могла быть и именем, и прозвищем. Сравните с однокоренными Есюков, Есюнин, Есаулов — все они строятся вокруг похожих звуковых комплексов, но Есоненко стоит особняком, поскольку не имеет параллелей с фамилией Есонов (которая была бы русской, на -ов). Это ещё раз подчёркивает её украинское происхождение.

Если искать социальный контекст, то носитель фамилии Есоненко в XVIII веке мог быть казаком или крестьянином, чей предок получил прозвище Есон — возможно, за характерный говор или манеру поведения. Точного значения мы не знаем, но фамилия не несёт отрицательной окраски и не указывает на ремесло — это типичная «патронимическая» фамилия, ответ на вопрос «чей ты?»: сын Есона.