Фамилия Эсонова — женская форма мужской фамилии Эсонов, и её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем, от которого образована основа. В русской ономастике фамилии, оканчивающиеся на -ов/-ев, обычно указывают на принадлежность к отцу или главе семьи: Эсонов — «сын Эсона» или «из рода Эсона». Сама основа «Эсон» — это либо вариант библейского имени Исав (в греческой передаче Эсав, Эсон), либо производная от редкого календарного имени, либо адаптация иноязычного имени.

Наиболее вероятная версия — связь с именем Эс (Эсав), которое в православных святцах встречается в форме Исав. В русской народной среде библейские имена часто упрощались и искажались: Исав превращался в Эсав, а затем в Эсон через добавление уменьшительного суффикса -он (как Савва — Савон, Илья — Ильон). Таким образом, Эсон — это разговорно-просторечная форма крестильного имени, а фамилия Эсонов (и Эсонова) указывает на потомка человека, которого в обиходе звали Эсоном.

Вторая версия, менее распространённая, — происхождение от тюркских или кавказских имён. У народов, исповедующих ислам, встречается имя Эсон (вариант Хасан или Эсан), что значит «добрый», «красивый». Если предки носительницы фамилии были из регионов с тюркским или кавказским населением (Татарстан, Башкирия, Кавказ), то фамилия могла быть русифицирована при записи в документах: к основе Эсон добавили русский патронимический суффикс -ов. В таком случае фамилия не связана с библейскими корнями, а отражает этническое происхождение рода.

Географически фамилия Эсонова встречается редко, преимущественно на юге России и в Поволжье, что косвенно подтверждает обе версии — и через церковные имена, и через тюркские заимствования. Сословно носители фамилии могли быть как крестьянами (имя Эсон не было дворянским), так и мещанами. Из-за редкости фамилии в исторических документах точных сведений о первых носителях нет, но словообразовательная модель типична для русских фамилий XIX века.