Фамилия Эстис — редкий случай, когда русская по форме фамилия оказывается, скорее всего, латинского корня. Внешне она похожа на типичную русскую фамилию на -ис: такие окончания встречаются в южнорусских и украинских фамилиях (например, Кулинис, Пилипис). Однако здесь мы имеем дело с искусственным или семинарским происхождением.

Самая вероятная версия: фамилия образована от латинского estis — «вы есть» (вторая форма множественного числа глагола esse). Такие фамилии давали в духовных семинариях будущим священникам. Семинаристы нередко получали фамилии по календарю, по названиям церковных праздников или просто по красиво звучащим латинским словам. Эстис могла стать фамилией ученика, который отличился на уроке латыни, или её дали как перевод какой-нибудь русской фамилии, связанной с бытием (например, Сущий или Естественный). В пользу этой версии говорит и то, что фамилия почти не встречается в крестьянской среде — её носители, как правило, были из духовного сословия.

Менее убедительная гипотеза — связь с греческим именем Эстий или топонимом Эстия. Но для русского быта такая основа нетипична, и следов массового переселения греков с такой фамилией нет. Также не стоит путать Эстис с эстонскими фамилиями: окончание -ис не является эстонским, и корень «эст» тут случаен.

Фамилия очень редкая. В дореволюционных справочниках и метрических книгах она встречается точечно, в основном на юге России и в центральных губерниях, где были семинарии. После революции носители фамилии могли сменить её из-за «буржуазного» звучания или, наоборот, сохранить как память о сословном прошлом. Сегодня Эстис — это фамилия-загадка, которая прямо указывает на книжное, учёное происхождение предка, а не на ремесло или прозвище.